A Secretaria de Saúde tem a missão de administrar os recursos humanos e materiais de toda a rede de atenção à saúde, respeitando os princípios de universalidade, integridade e equidade consagrados no SUS, zelando principalmente pelo respeito da vida e humanização do atendimento.

Cabe também à Secretaria de Saúde o gerenciamento dos serviços de Vigilância à Saúde, que engloba a Vigilância Epidemiológica e Sanitária, que em conjunto, buscam soluções de caráter preventivo para evitar doenças e agravos à saúde coletiva.